Video: Çfarë është skedari i indeksit BAM?
2024 Autor: Lynn Donovan | [email protected]. E modifikuara e fundit: 2023-12-15 23:53
A Skedari BAM (. bam ) është versioni binar i një SAM dosje . Një SAM dosje (. sam) është një tekst i kufizuar me skeda dosje që përmban të dhëna për shtrirjen e sekuencës. Indeksimi : IGV kërkon që edhe SAM edhe Skedarët BAM të renditet sipas pozicionit dhe të indeksuar , dhe se skedarët e indeksit ndiqni një konventë të veçantë emërtimi.
Po kështu, njerëzit pyesin, si mund të hap një skedar BAM?
Nga Skedari zgjidhni menunë Hapur dhe zgjidhni Skedarët BAM nga ana e majtë. Butoni Select në të djathtë që thotë Shto a Skedari BAM . Navigoni në BAM Test Skedarët dosjen që keni shkarkuar zgjidhni me_index_with_graph. Klikoni Hapur , zgjidhni hartën.
Së dyti, si mund ta konvertoj një skedar BAM në Fastq? Më poshtë janë hapat për të kthyer skedarin BAM në formatin FASTQ. Kjo do të funksionojë në Linux dhe do të kërkojë SAMTOOLS dhe BEDTOOLS
- Shkarkoni SAMTOOLS.
- Ekstrakt duke përdorur Command tar xzvf samtools-version.tar.bz2.
- Do të krijojë një dosje me emrin samtools-version.
- Kaloni te direktoria cd samtools-version.
Po kështu, si mund të konvertoj një skedar BAM në një skedar SAM?
te konverto SAM te BAM , përdorim komandën samtools view. Duhet të specifikojmë që inputi ynë është in Formati SAM (si parazgjedhje pret BAM ) duke përdorur opsionin -S. Duhet të themi gjithashtu se ne duam që produkti të jetë BAM (si parazgjedhje prodhon BAM ) me opsionin -b.
Çfarë bën Samtools view?
Samtools është një grup shërbimesh që manipulojnë rreshtimet në formatin BAM. Ai importon dhe eksporton në formatin SAM (Sequence Alignment/Map), bën renditja, bashkimi dhe indeksimi, dhe ju lejon të merrni me shpejtësi leximet në çdo rajon. Samtools është projektuar për të punuar në një rrymë.
Recommended:
Çfarë është skanimi i plotë i shpejtë i indeksit?
Skanimet e shpejta të indeksit të plotë janë një alternativë ndaj një skanimi të plotë të tabelës kur indeksi përmban të gjitha kolonat që nevojiten për pyetjen dhe të paktën një kolonë në. çelësi i indeksit ka kufizimin NOT NULL. Një skanim i shpejtë i plotë akseson të dhënat në vetë indeksin, pa hyrë në tabelë
Çfarë kuptoni me numrin e indeksit?
Një numër indeks është matja e ndryshimit në një variabël (ose grup variablash) me kalimin e kohës. Numrat e indeksit janë një nga mjetet statistikore më të përdorura në ekonomi. Numrat e indeksit nuk janë drejtpërdrejt të matshëm, por përfaqësojnë ndryshime të përgjithshme, relative. Ato zakonisht shprehen si përqindje
Çfarë është skedari i transaksionit dhe skedari kryesor?
Përkufizimi i: skedari i transaksionit. dosje transaksioni. Një koleksion të të dhënave të transaksioneve. Skedarët e ndërveprimit të të dhënave përdoren për të përditësuar skedarët kryesorë, të cilët përmbajnë të dhëna për subjektet e organizatës (klientët, punonjësit, shitësit, etj.)
Çfarë është tabela e funksionit të indeksit?
Funksioni INDEX() kthen indeksin e rreshtit aktual në ndarje, pa asnjë renditje në lidhje me vlerën. Kur INDEX() llogaritet brenda ndarjes Date, indeksi i çdo rreshti është 1, 2, 3, 4…, etj. kështu që le të kalojmë një shembull në Tableau ju që të mund të shihni vërtet se çfarë do të thotë kjo
Çfarë është skanimi unik i indeksit?
Përgjigje: Në një skanim unik të indeksit, oracle lexon nyjet e indeksit deri në nivelin e nyjeve të fletës dhe ata kthejnë ROWID për rreshtin e duhur të vetëm nga SQL thirrëse. Këtu është një raport që liston skanimet unike të indeksit, të cilat ndodhin kur motori i bazës së të dhënave Oracle përdor një indeks për të tërhequr një rresht specifik nga një tabelë